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La surveillance des variants de SARS-CoV-2 et le suivi de la prévalence de la maladie au sein de la population sont deux éléments importants dans la lutte contre le nouveau coronavirus. Ils permettent notamment de suivre l’évolution des différents variants et d’évaluer le risque d’apparition de souches échappant à l’immunité conférée par les différents vaccins ou par une infection préalable. L’Office fédéral de la santé publique (OFSP) a ainsi entériné la mise en place d’un programme national de surveillance génomique du SARS-CoV-2, en collaboration avec le Centre pour les virus émergents aux Hôpitaux universitaires de Genève et le laboratoire de référence (CRIVE), les Ecoles polytechniques fédérales, les laboratoires universitaires et privés, la plate-forme NextStrain et la Task Force scientifique Covid-19.

Le suivi génétique du SARS-CoV-2 est une composante essentielle de la surveillance de l’épidémie de COVID19. Si la plupart des mutations n’ont pas d’impact épidémiologique ou clinique, certaines augmentent la contagiosité ou la pathogénicité du virus, ou réduisent sa sensibilité à l’immunité induite par les vaccins ou une infection préalable. Le séquençage génomique du virus permet une classification fine des mutants émergeant au cours du temps, permettant de retracer des chaines de transmission et si nécessaire d’adapter de façon dynamique les mesures.

Début mars, l’OFSP a étoffé son dispositif par le lancement d’un programme national de séquençage génomique systématique.  Environ 2'000 échantillons positifs au SARS-CoV-2 sont analysés chaque semaine, un nombre appelé à évoluer en fonction de la situation épidémiologique. L’objectif est d’identifier rapidement les variantes préoccupantes du virus, leur possible importation par des voyageurs et leur répartition à travers le pays. La stratégie, qui repose sur les recommandations de l’OMS, est financée par l’OFSP et coordonnée par le CRIVE.

Le programme a été graduellement mis en place depuis le début de l’année pour atteindre son déploiement complet aujourd’hui. Il est prévu sur une période qui s’étend du 1er mars 2021 au 31 mars 2022. L’échantillonnage est effectué de manière à obtenir, entre autres, une image représentative pour la Suisse, couvrant toutes ses régions géographiques et les classes d’âge. Une dizaine de laboratoires participent au programme dont les cinq centres universitaires hospitaliers ainsi qu’un réseau de laboratoires privés. D’autres laboratoires pourraient les rejoindre prochainement. Les échantillons sont séquencés sur place ou acheminés vers l’un des trois pôles d’expertise en séquençage à haut débit : le Health 2030 Genome Center à Genève, le Département des sciences et de l’ingénierie des biosystèmes (D-BSSE), structure bâloise de l’EPFZ, et le Functional Genomics Center de l’EPFZ.

Les séquences virales sont centralisées sur la Swiss Pathogen Surveillance Platform et sont accessibles également sur la plateforme internationale GISAID. L’OFSP en assure l’évaluation ainsi que la publication officielle des données sur www.covid19.admin.ch. Le décompte des variants préoccupants ainsi que le criblage pour de nouveaux variants est assuré par Nextsrain (https://nextstrain.org).

Enfin, le programme de surveillance prévoit aussi une surveillance des eaux usées, et une caractérisation immunologique des variants préoccupants afin de déterminer s’ils peuvent échapper à l’immunité conférée par une infection passée ou les vaccins.

Source :
Office fédéral de la santé publique, Acutalité, 28.05.2021

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